בקיץ 2013 - אחרי שנים רבות במספר קבוצות קטנות - אלי כהן קיבל את הזדמנות בחייו, כאשר מונה למאמנה של בית"ר ירושלים. לצערו, התקופה בבירה לא נמשכה יותר מדי זמן. כהן פוטר על ידי אלי טביב אחרי פחות מחצי שנה בתפקיד, ומאז הוא חיכה להצעה המתאימה. כעת, אחרי כמעט שנה מחוץ למגרשים, המאמן בן ה-53 חוזר.
ביום שישי האחרון, אחרי 11 מחזורי ליגה, בני סכנין החליטה להיפרד מגיא לוי. אלי כהן הוזכר כמעט מיידית כמועמד המוביל להחליף את לוי על הקווים, ובשבת העסקה נסגרה באופן רשמי. כהן ידריך את סכנין במשחק מול הפועל באר שבע בשבת הבאה, ובינתיים הוא התפנה להעניק ראיון ראשון.
"סגרתי כמעט שנה בלי כדורגל. זה היה פסק זמן ארוך מדי", פתח כהן את דבריו בראיון ל"חמש באוויר", תכנית הרדיו של ערוץ הספורט. "במועדון שעבדתי בו (בית"ר י-ם) היה לחץ, אחר כך הייתי צריך שקט. אני אוהב את הכדורגל ושמח לחזור. בתקופה הראשונה הייתי מנותק לגמרי, אבל אחר כך חזרתי למשחקים בהדרגה. נכנסתי לעניינים".
אחרי דברי הפתיחה, כהן הודה כי הופתע מכך שקיבל את המשרה מסכנין: "בקיץ האחרון פנו אליי וזה לא הסתדר. הופתעתי כשפנו אליי עכשיו, כי המשא ומתן הקודם התפוצץ. הפנייה חודשה ביום שישי בבוקר. אבו יונס צלצל אליי. אמרתי לו שאין בעיה ושאני רוצה לבוא. מדובר במועדון חשוב מאוד בליגת העל, ואני חושב שאני יכול להתאים למועדון וגם להצליח בו. לסכנין יש פוטנציאל. זה מועדון גדול וחשוב בליגה".
משימתו הראשונה של אלי כהן בקבוצתו החדשה תהיה, כאמור, מול הפועל באר שבע - אולי הקבוצה שנמצאת בכושר הטוב בליגה. שבוע מאוחר יותר תתמודד בני סכנין מול מכבי חיפה בדוחא, כך שמדובר בפתיחה כלל לא פשוטה עבור המאמן החדש.
הופתע מהפניה של סכנין