המועדון הוקם בשנת 1904 ע"י פועליה של ענקית התרופות "באייר", בעיר לברקוזן. עד שנת 1999 היוותה מחלקת הכדורגל עוד נדבך כחלק מממועדון הספורט של באייר לברקוזן שכלל גם: מחלקת אתלטיקה, כדורסל ועוד. ב-1999 נפרדה מחלקת הכדורגל מהמועדון ספורט באייר לברקוזן וכיום הקבוצה הינה יישות עצמאית. הקבוצה חתומה על שיא מעט מוזר. עם העפלתה לגמר ליגת האלופות בעונת 2001/2, היא הפכה לקבוצת הכדורגל הראשונה והיחידה עד כה שהעפילה לגמר ליגת האלופות אף על פי שלא זכתה באליפות ארצה. אם הייתם צריכים עוד הוכחה לנוכחותה ההיסטורית והעכשווית של חברת התרופות "באייר" בקבוצה, לוגו החברה משולב בלוגו קבוצת הכדורגל "באייר לברקוזן"
תארים:
תארים:
גביע אופ"א: 1 (1987/1988)
גביע גרמני: 1 (1992/1993)