החליט לסיים את הקריירה. מריו מנדז'וקיץ' הודיע הערב (שישי) על פרישה מכדורגל בגיל 35. החלוץ הקרואטי, שסיים את חוזהו במדי מילאן הקיץ, לא מצא קבוצה וקיבל החלטה לתלות את הנעליים. מנדז'וקיץ' השאיר אחריו רזומה מרשים ביותר מבחינה אישית וגם קבוצתית. הוא כבש לאורך הקריירה 197 שערים בקבוצות השונות בהן שיחק וכן 33 שערים במדים הלאומיים של קרואטיה.
הוא זכה בליגת האלופות פעם אחת (2012/13), בסופר קאפ האירופי פעם אחת (2013/14), ארבע פעמים באליפות איטליה, שלוש פעמים בגביע האיטלקי, פעמיים באליפות גרמניה, פעמיים בגביע הגרמני, פעמיים בסופר קאפ האיטלקי, פעם אחת בסופר קאפ הספרדי, פעם אחת בסופר קאפ הגרמני, פעם אחת בגביע העולם למועדונים של פיפ"א, שלוש פעמים באליפות קרואטיה, פעמיים בגביע הקרואטי ופעם אחת באליפות קטאר. הוא גם זכה בתואר שחקן השנה בקרואטיה פעמיים (2012 ו-2013).
את הקריירה הוא התחיל כמובן בליגה המקומית במדינת הולדתו, ואת הפריצה עשה במדי דינמו זאגרב. לאחר מכן שיחק שתי עונות בוולפסבורג לפני שעבר לשורות האימפריה הגרמנית, באיירן מינכן, איתה זכה בליגת האלופות ורשם את שנות השיא שלו. הוא נרכש על ידי אתלטיקו מדריד תמורת 22 מיליון יורו בקיץ 2014, ואחרי עונה אחת עבר ליובנטוס, איתה זכה בלא מעט תארים מקומיים. ב-2019/20 שיחק בקטאר, לפני שעבר כאמור למילאן לחצי העונה האחרונה שלו בקריירה.
בהודעה ששיגר בחשבון האינסטגרם שלו, כתב: "מריו הקטן היקר. כשתשים את הנעליים האלה בפעם הראשונה, אתה אפילו לא תצליח לדמיין את הדברים שתזכה לעשות בכדורגל. אתה תכבוש שערים בבמות הכי גדולות ותזכה בגביעים גדולים עם המועדונים הכי גדולים. אתה תייצג בגאווה רבה את המדינה שלך, ותכתוב היסטוריה לספורט הקרואטי. אתה תצליח כי יהיו אנשים טובים סביבך - חברייך לקבוצה, המאמנים, האוהדים, המשפחה, הסוכנים והחברים, שתמיד יהיו שם בשבילך. אתה תמיד תודה להם על הכל".
"מעל הכל, אתה תצליח בגלל שתמיד תיתן את הטוב ביותר שלך. בסופו של דבר, זה הדבר שהכי תתגאה בו. אתה תקריב הרבה, אבל תדע שזה היה שווה את זה, בזכות כל הרגעים המדהימים. אתה תזהה את הרגע לפרוש, את הרגע להחזיר את הנעליים האלה לארון, ולא יהיו לך שום חרטות. הכדורגל תמיד יהיה חלק מהחיים שלך, אבל אתה תחפש פרק חדש. תהנה, מריו הגדול. נ.ב - אם אתה במקרה תשחק נגד אנגליה במונדיאל, רק תהיה מוכן באזור הדקה ה-109".